不过，多尔衮死后，顺治皇帝亲政，立即一改多尔衮的政策，对笼络依靠汉人大臣表现出异乎寻常的热情。顺治九年（１６５２）四月，顺治皇帝在一道谕旨中宣布，为防止诸王公大臣因循怠玩，允许满汉官吏互相参劾对方的错误之处。次年六月二十七日，他又提出，内三院为机密重地，事务殷繁，应选举贤能之人任职，并特别指明每院应设汉官大学士二员。到顺治十一年（１６５４），十七名大学士中只有两名满人，其余都是汉人大臣，直接参与了制定政策、发布政令等国家大事的处理。顺治皇帝还突破了汉人大臣不得掌印的陈规。顺治十二年（１６５５）八月，都察院署承政事固山额真卓罗奉命出征，顺治皇帝即命汉承政龚鼎孳掌管部院印信。之前，部院印务向来由满人大臣掌管，正官公出时，则由次官代理，从未有汉人掌管印信，以致龚鼎孳接到任命后吓得不轻，战战兢兢地上疏恳求撤去这一任命。但顺治皇帝未予接受，坚持要龚鼎孳接管印信。
表面看来，自顺治皇帝掌权，汉官的地位显著提高了，但这起初不过是少年皇帝刻意要表现出与他所痛恨的多尔衮不同，之后则是为了统治的需要。在年轻皇帝的骨子里，对汉人大臣的戒务和警惕并未比多尔衮减轻多少。顺治皇帝登上皇帝之位并不是必然，而是多方政治势力复杂斗争和相互妥协的结果。他幼年即位后，都是其叔多尔衮在殿堂上发号施令。其母孝庄太后有男人般的雄才大略，为了避免儿子受到多尔衮猜忌，多次教育顺治皇帝要韬光养晦。在这样环境下长大的皇帝，心理压抑，脾气暴躁，性好猜忌，后来一旦掌权，则任性得一发不可收拾。
他喜欢汉人服饰，喜欢汉人文学，也大力提拔汉人文士，但这并不代表他就此信任汉人。汉人高官陈名夏被杀就是例证。当时，南方战火纷纷，南明李定国正攻打广东，沿海一带的郑成功也蠢蠢欲动。在这样的局势下，陈名夏看到顺治皇帝喜欢明朝衣服后，随口说了句“留头发，复衣冠，天下即太平”，便立即勾起顺治皇帝深藏于心的警觉，杀机立现。实际上，陈名夏之死是顺治皇帝猜疑汉人大臣的一次公然展露。而在汉人大臣中，因南方陷落较晚，尤其是清军在江南遭到激烈的抵抗，一手炮制了“扬州十日”“嘉定三屠”等诸多惨剧，深遭江南士民怀恨，因而较之北方大臣，清廷对南方大臣更不放心。这就是为什么在清初多次南北党争中，北方派屹立不倒、南方派多遭惨败的根源。
江南闱案发时，南方尚不稳定，沿海郑成功、张煌言等抗清势力依旧活跃，而江南士子与他们有着盘根错节、千丝万缕的联系。在这样的背景下，无论顺治皇帝之前是何等欣赏方拱乾、方玄成父子的文学才华，只要有更大的利益可图，一时的优遇瞬间就化作尘土。正因为如此，尽管方拱乾有凭有据作了辩白，但是方章钺还是立即被刑部逮捕，锁链加身，从江南踏上了前往京师受审的路途。同行的还有郎廷佐奏报的其他六个人（程度渊在逃）。
听到方章钺被锁往京师，吴兆骞、顾贞观、尤侗在江宁酒楼话别。
“此次乡试，两位仁兄均未中式，发榜之后，群情激愤，一时间闹得满城风雨。二位高才，我心中了然，亦怀疑此中有弊。因此，尤兄作《钧天乐》嘲讽科场之弊，我心里也甚为解气。但今日在街上看见章钺兄，被官差锁链加身押往京师，吓我一跳，章钺兄之才断不可能作弊。今日之事，出乎意外，我恐科场案不知谁还要被无辜蒙冤啊！”吴兆骞忧心忡忡地说道。
顾贞观见吴兆骞眉头不展，宽慰道：“吴兄高才，此事不足为虑。”
尤侗亦附和道：“你之大才，江南士子谁人不知？”
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